有機質肥料為天然產物，養分緩慢釋放，同時可補充「土壤有機質」含量，促進團粒化、保有更多水份及養分。這類型肥料必須經過一段時間的熟成，使其堆肥化轉換成可以被植物吸收利用的營養物質。

常見的有機質原料為 :
     1. 植物粕類 ( 大豆、花生、芝麻、菜籽......等)。
     2. 農業廢棄物 (植物殘體、木屑、稻殼......等)。
     3. 禽畜糞便 (牛、雞、豬......等) 。

化學肥料主要為人工合成，種類概分為 : 速效肥、緩效肥。
     1. 速效肥 : 易溶於水中形成離子型態，植物能直接利用，但隨著雨水沖刷、
         土壤灌溉，養分會逐漸稀釋、降低效果。
     2. 緩效肥 : 顆粒狀，在土壤中遇水則緩慢釋放，因無法觀察到釋放狀況，容
         易造成施用過量與長期累積等風險，導致土壤健康度被破壞。

         與有機肥料相比，化學肥料取得方便，價格親民，實際使用過程也更為方便。但一般情況下傳統 (慣行) 栽培的土壤，其土壤中的有機質含量是較低的，因此必須額外補充有機質。

         台灣位於熱帶 ~ 亞熱帶地區病蟲害嚴重，友善環境的耕作方式，無法使用農藥，對農友來說須克服前期產量較低，收入受影響的窘境，所以必需花更多心力以替代方式保護作物，才能維持生計；不論是化學肥料，或是有機質肥料，本質上是沒有好壞之分，合理且正確的使用，才能保有土壤的健康度。