台灣引以為傲的養殖業已有百年的歷史，魚塭 (水塘) 中日積月累的殘餌、魚屍及諸多有機質廢物等有害物質可能慢慢累積於養殖環境中，在天氣轉變時，往往造成極大的危害。因此益生菌的使用，不僅可以延長及活化魚塭使用年限，營造適合生物的成長環境及降低環境的破壞。
基於『預防重於治療』觀念；我們可以從養殖系統中的四個層面切入探討。
『養殖生物』：在種苗的培育過程中，不濫用抗生素藥物，以免破壞種苗的健康及增加病原菌的抗藥性，同時在培育過程中，藉由益生菌改善水質環境，或在飼料中添加益生菌及其產物，可刺激種苗免疫力的提升，增加其對抗病原菌的能力及提升抗應激能力。
『疾病防控』：疾病的發生，往往讓人束手無策，尤其近年蝦農常遭到弧菌的病害、吳郭魚夏天的鏈球菌病害；利用益生菌與病原菌競爭生存空間，避免病原菌大量生長，降低疾病的發生機率。
『養殖環境』：多年養殖產生的廢棄物，淤積在池底，不僅會造成令養殖人聞風喪膽的「透南風，迓地氣」，更是病原菌滋生的溫床；透過益生菌的使用，可以降低有機質的堆積，並且改善水質，使水中的微生物、動植物性浮游生物維持良好的平衡，來營造優良的生存空間。
『飼料營養』：在過去對於飼料的開發，主要提供生物充足的營養，於最短時間內追求最大的成長，而現今飼料配方設計不僅提供充足的營養，也追求降低對環境與養殖生物的負荷，透過飼料中添加益生菌，可提高飼料的轉換率；其他物質的添加，如葡聚多醣體 (Beta Glucan) 等，可以提高養殖生物對疾病的抵抗能力。
參考文獻：水產試驗所特刊 第8 號：167-190, 2006